時は２０世紀末。
今まで散発的に現れては、デビルバスター達によって秘密裏に処理されていた悪魔達は突如大挙して現われた。
間髪を入れず、悪魔を制圧するという名目を揚げ、五島司令に率いられた自衛隊はクーデターを起こす。
米海兵隊は、悪魔と自衛隊の両方を敵に廻して戦い、ついに敗退する。
同じ頃米大使トールマンは、魔神トールと化して悪魔率いる少年と戦い敗れていた。
もはや東京の悪魔制圧は不可能と考えたトールマンは、今際の際に原子力潜水艦の核ミサイル発射命令を出す。
東京はミサイルの直撃を受け、太平洋戦争以来の未曾有の大破壊に見舞われた。
この災厄は、創造主による、堕落した人類抹殺計画の一部といわれており、多くの天使達がこれに加担している。
東京を灼熱の炎が包み込んだ時、トールマンと戦った少年達は、ともに戦った少女の犠牲によって救われ、いずこかへと転移されていた。
東京は核ミサイルにより大破壊に見舞われた。
しかし、地位のある人々は、この大破壊を予見し、あらかじめ地下核シェルターに家族ごと避難していた。
彼らは日本を地下からでも支配できると考えていたが、地上はたちまち無政府状態となっていった。
崩壊した首都圏で動くものは、放射線の影響で生じたミュータント達と、暴走するガーディアン･ロボットぐらいであった。
しかし、やがて地方から流れてきた犯罪者や、覇権を争う悪魔達で溢れていった。
シェルターから訓練されたデビルバスター達が撃って出て、悪魔掃討作戦を展開したが、
それも次第に増加する悪魔に押され、今ではシェルターの蓋を閉ざして篭もり、彼らの生活を保つので精一杯だった。
首都圏で生き残ったシェルターは、「初台」･「原宿」･「お茶の水」だけとなり、他は悪魔に制圧されたり無人化していたり、食糧不足で放棄されていた。
残ったシェルターでは「市民レベル」が設定され、厳しい階級制が誕生した。
限られた生活物資（特に贅沢品）と安全を享受する優先権と、その優先権の永続性を支配者達は欲したのである。
魔法技術の向上により、結界で護られるようになるとシェルターの安全性は格段と向上した。
悪魔との戦闘もなくなり、次第に人々は平和な生活に慣れていった。
シェルター生まれの世代が戦えるぐらいの年齢になる頃には、各シェルターはほとんど孤立し、コンピュータ･ネットワーク情報交換が行われる程度になっていた。
「偽典･女神転生 東京黙示録」 User's Manualより